Evangelion:3.0+1.01 THRICE UPON a TIME มิสาโตะและกลุ่มต่อต้าน NERV ชื่อ WILLE มาถึงกรุงปารีส ซึ่งตอนนี้กลายเป็นเมืองสีแดงจากการเปลี่ยนแปลงแกนหลัก ลูกเรือจากเรือธง Wunder ได้ลงจอดที่หอคอยควบคุม เพื่อเริ่มภารกิจที่ท้าทายในการฟื้นฟูเมืองที่ได้รับผลกระทบนี้